MA NU TBS Kudus membuka empat program studi, yaitu :
Program Ilmu Pengetahuan Alam (IPA)
Program Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS)
Program Keagamaan (PK)
Masing-masing pogram studi telah mempunyai struktur kurikulum yang baik dan mampu bersaing dengan berbagai madrasah dan sekolah yang ada di Kabupaten Kudus dan Provinsi Jawa Tengah.
