Program studi IPA mempelajari tentang sains. Sains merupakan ilmu pengetahuan yang dikembangkan berdasarkan metode ilmiah atas gejala dan fenomena alam semesta baik menyangkut makhluk hidup maupun benda tak hidup. Ciri khas dari program IPA adalah adanya mata pelajaran fisika, kimia, dan biologi.
Untuk mendalami materi-materi fisika, kimia, dan biologi, siswa-siswa program studi IPA difasilitasi dengan laboratorium MIPA. Siswa juga diberikan kesempatan untuk mengeksplor peralatan di laboratorium MIPA melalui program Sains Club. Program Sains Club merupakan wadah yang disediakan khusus untuk siswa-siswa program studi IPA yang memiliki ketertarikan yang cukup tinggi terhadap dunia sains. Hasil yang ingin dicapai dari Sains Club yaitu tumbuhnya rasa cinta terhadap sains dan berkembangnya pengetahuan serta kreativitas siswa dalam ranah sains. Hakekat sains adalah proses dan produk. Tenaga pendidik di program studi IPA berusaha untuk menyeimbangkan antara proses dengan produk melalui pembelajaran tematik yang terwujud dalam scientific method. Tenaga pengajar di sini merupakan para ahli di bidangnya dan merupakan lulusan perguruan tinggi favorit di Indonesia.
Sebagai sebuah madrasah yang memegang teguh ajaran Islam Ahlussunnah Waljamaah, tentunya program IPA MA NU TBS Kudus melaksanakan kurikulum lokal. Kurikulum MA NU TBS Kudus mengharuskan siswa program IPA untuk mendalami berbagai muatan lokal yang sarat dengan pendalaman ajaran Islam. Muatan lokal yang diajarkan di sini adalah tafsir, hadits, qiroah sab’ah, tauhid, tashowuf, fiqih, ahlussunnah waljamaah (aswaja), nahwu, shorof, balaghoh, dan manthiq. Berbagai kitab klasik juga diajarkan sebagai bekal demi terciptanya siswa yang unggul dalam IPTEK dan tangguh dalam IMTAQ.
Berikut daftar siswa Program IPA: